益生菌藥物通常建議飯后服用，但具體服用時(shí)間需根據(jù)藥物劑型、胃腸耐受性及醫(yī)生指導(dǎo)調(diào)整。主要影響因素有藥物劑型、胃酸敏感性、個(gè)體耐受差異等。

益生菌藥物服用時(shí)間的選擇需綜合考慮藥物特性與人體生理特點(diǎn)。腸溶型益生菌制劑如雙歧桿菌三聯(lián)活菌腸溶膠囊、酪酸梭菌腸球菌三聯(lián)活菌片等設(shè)計(jì)為耐胃酸結(jié)構(gòu)，理論上飯前服用可更快到達(dá)腸道，但實(shí)際臨床仍多推薦餐后服用以降低胃酸影響。普通膠囊或粉劑型如枯草桿菌二聯(lián)活菌顆粒、地衣芽孢桿菌活菌膠囊等更需依賴食物中和胃酸，餐后30分鐘服用存活率顯著提高。部分人群空腹服用可能出現(xiàn)胃腸不適，表現(xiàn)為腹脹或輕微腹瀉，此類情況必須改為餐后服用。特殊劑型如布拉氏酵母菌散因真菌特性對胃酸耐受較強(qiáng)，飯前飯后差異較小，但兒童或胃腸敏感者仍建議隨餐。

少數(shù)情況下需飯前服用益生菌，如與抗生素聯(lián)用時(shí)，若抗生素需餐后服，則益生菌應(yīng)提前2小時(shí)空腹服用以避免被抗生素殺滅。胃酸分泌過少者或胃大部切除術(shù)后患者，飯前服用可能更利于活菌定植。某些特定菌株如嗜酸乳桿菌NCFM經(jīng)特殊包埋技術(shù)處理后可抵抗胃酸，說明書明確標(biāo)注飯前服用時(shí)應(yīng)遵醫(yī)囑。腸內(nèi)營養(yǎng)管飼患者通常需將益生菌粉劑混入營養(yǎng)液同步輸注，此時(shí)服藥時(shí)間與進(jìn)食完全同步。

服用益生菌期間應(yīng)避免與超過40℃的飲品或食物同服，活菌易被高溫滅活。日常可配合攝入富含益生元的食物如香蕉、燕麥、洋蔥等幫助益生菌增殖，但需與服藥間隔2小時(shí)以上。存儲(chǔ)方面，除布拉氏酵母菌等特殊菌種外，多數(shù)益生菌需2-8℃冷藏保存，外出攜帶時(shí)建議使用冰袋。治療期間如出現(xiàn)持續(xù)腹痛或皮疹應(yīng)及時(shí)停藥就醫(yī)，免疫功能低下者使用前需咨詢醫(yī)生。長期服用同種益生菌可能降低效果，可每3個(gè)月在醫(yī)生指導(dǎo)下更換菌株組合。